در صورت بروز اختلاف در صلاحیت رسیدگی بین دادگاه اطفال و نوجوانان و دادگاه عمومی یا کیفری بر سر سن متهم مرجع حل اختلاف در داخل یک استان دادگاه تجدید نظر همان استان خواهد بود.
بر اساس ماده ۳۱۷ قانون آیین دادرسی کیفری مصوب سال ۱۳۹۲ با اصلاحات بعدی در مواردی که این مراجع قضایی در خصوص صلاحیت رسیدگی اختلاف داشته باشند اگر هر دو دادگاه در حوزه یک استان قرار داشته باشند پرونده برای حل اختلاف به دادگاه تجدید نظر استان ارسال میشود. چنانچه این دادگاه ها در دو استان متفاوت باشند مرجع حل اختلاف دیوان عالی کشور خواهد بود.
مرجع حل اختلاف با بررسی دقیق اوراق هویتی و شناسنامه ای و در صورت لزوم ارجاع متهم به کمیسیون پزشکی قانونی سن دقیق وی را در زمان وقوع جرم تعیین و دادگاه دارای صلاحیت را مشخص می کند. باید توجه داشت که طبق قانون ملاک صلاحیت برای رسیدگی در دادگاه اطفال سن متهم در زمان ارتکاب جرم است نه زمان رسیدگی به پرونده.