طبق ماده ۹ قانون مجازات جرایم نیروهای مسلح مصوب ۱۳۸۲ مقررات تخفیف مجازات در این جرایم تابع مقررات عمومی یعنی قانون مجازات اسلامی است. بنابراین طبق مواد ۳۷ و ۳۸ قانون مجازات اسلامی و با در نظر گرفتن آخرین تغییرات قانون کاهش مجازات حبس تعزیری مصوب ۱۳۹۹ و اصلاحات بعدی آن دادگاه نظامی میتواند در صورت احراز جهات مخففه مانند همکاری موثر متهم در کشف جرم، ندامت، حسن سابقه یا وضعیت خاص متهم مجازات وی را تخفیف دهد.
با این حال باید توجه داشت که امکان تخفیف در دادگاه نظامی مطلق نیست. در برخی جرایم خاص، مهم و امنیتی که دارای جنبه عمومی قوی و غیر قابل گذشت هستند قانونگذار محدودیت ها یا ممنوعیت هایی برای تخفیف قائل شده است. همچنین اعمال مقررات تقلیل حبس موضوع قانون کاهش مجازات حبس تعزیری در دادگاه های نظامی مستلزم رعایت دقیق شرایط مقرر در قانون آیین دادرسی کیفری مصوب ۱۳۹۲ و قانون مجازات جرایم نیروهای مسلح میباشد و قاضی نظامی با بررسی ماهیت جرم و مصلحت نیروهای مسلح در خصوص اعمال یا عدم اعمال تخفیف تصمیم گیری می کند.