تفاوت اصلی خیار شرکت با خیار تبعض صفقه در وضعیت صحت معامله و حدود اختیارات خریدار است:
۱. سبب ایجاد خیار:
طبق ماده ۴۴۱ قانون مدنی خیار تبعض صفقه زمانی ایجاد می شود که عقد بیع نسبت به قسمتی از مال باطل باشد (مثلا بخشی از مال مستحق للغیر در آید و مالک اصلی معامله را رد کند). اما خیار شرکت زمانی محقق می شود که تمام معامله صحیح است ولی خریدار ناخواسته با شخص ثالثی در مال شریک مشاع می شود (مانند زمانی که خریدار مالی را به تصور مفروز بودن می خرد اما مال مشاع در می آید).
۲. اختیارات خریدار:
طبق ماده ۴۴۱ و ماده ۴۴۲ قانون مدنی در خیار تبعض صفقه خریدار دو اختیار دارد: یا می تواند کل عقد را فسخ کند یا معامله را نسبت به قسمت صحیح قبول کرده و ثمن قسمت باطل را استرداد کند. اما در خیار شرکت (بر اساس ملاک ماده ۳۵۵ قانون مدنی و قواعد عمومی قرارداد ها) خریدار فقط حق فسخ کل عقد را به دلیل ضرر ناشی از اشاعه دارد و نمی تواند معامله را تقسیط کرده یا بخشی از ثمن را استرداد کند.
۳. وضعیت اعتبار عقد:
در خیار تبعض صفقه بخشی از عقد از اساس باطل و بی اثر است اما در خیار شرکت عقد نسبت به تمام اجزای مال صحیح بوده و صرفا وصف استقلال و مفروز بودن مال تخلف شده است.