تفاوت اصلی غیبت سربازی و فرار از خدمت در زمان وقوع و وضعیت مشمول است. بر اساس ماده ۵۸ قانون خدمت وظیفه عمومی غیبت سربازی زمانی رخ می دهد که فرد به سن قانونی ۱۸ سال تمام رسیده اما در مهلت مقرر خود را به سازمان نظام وظیفه معرفی نمی کند و وضعیت او نامشخص است.
در مقابل طبق مقررات قانون مجازات جرایم نیرو های مسلح فرار از خدمت زمانی اتفاق می افتد که سرباز پس از اعزام و شروع دوره خدمت بدون داشتن مرخصی یا عذر موجه بیش از ۱۵ روز متوالی از یگان خدمتی خود خارج شود و به محل خدمت بازنگردد.
بنابراین غیبت همواره مربوط به قبل از شروع خدمت است اما فرار از خدمت مربوط به حین انجام خدمت سربازی است. به همین دلیل رسیدگی به فرار از خدمت در صلاحیت دادسرای نظامی است و مجازات ان به دلیل ماهیت تخلف نظامی بسیار سنگین تر از غیبت بوده و می تواند شامل حبس و اضافه خدمت باشد.