طبق ماده ۴ قانون ثبت احوال و با تکیه بر آرا وحدت رویه دیوان عالی کشور در خصوص تغییر جنسیت، پس از صدور حکم قطعی از دادگاه خانواده مبنی بر تغییر جنسیت، شناسنامه قبلی فرد باطل نمی شود، بلکه اطلاعات آن اصلاح و تغییر می یابد.
بر اساس رویه عملی سازمان ثبت احوال، پس از تایید پزشکی قانونی و صدور حکم دادگاه، مشخصات هویتی جدید (نام متناسب با جنسیت جدید و جنسیت اصلاح شده) در سند سجلی (سند مادر) ثبت می شود. شناسنامه قبلی از فرد اخذ و سوراخ (باطل) شده و در آرشیو ثبت احوال بایگانی می گردد و شناسنامه جدیدی با شماره ملی قبلی اما با نام و جنسیت جدید صادر و به فرد تحویل داده می شود.
بنابراین، هویت قانونی شخص و شماره ملی او تغییر نمی کند، بلکه سند سجلی قبلی اصلاح و شناسنامه جدید منطبق با وضعیت فعلی صادر می گردد.