شناسایی و تشخیص درآمد مشمول مالیات، مطالبه و وصول مالیات موضوع این قانون به سازمان امور مالیاتی کشور محول می‌شود که به ‌موجب بند (‌الف) ماده (۵۹) قانون برنامه سوم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران ایجاد گردیده است. نحوه انجام دادن‌ تکالیف و استفاده از اختیارات و برخورداری از صلاحیت‌های هر یک از ماموران مالیاتی و اداره امور مالیاتی و همچنین ترتیبات اجرای احکام مقرر در‌این قانون به موجب آییننامه‌ای خواهدبود که حداکثر ظرف مدت شش ماه پس از تصویب این قانون به پیشنهاد سازمان امور مالیاتی کشور، به تصویب وزیر امور اقتصادی و دارایی خواهد رسید.
تبصره ۱- سازمان امور مالیاتی کشور با اجرای طرح جامع مالیاتی و استفاده از فناوری اطلاعات و ارتباطات و روشهای ماشینی(مکانیزه)، ترتیبات و رویه‌های اجرایی متناسب با آن شامل مواردی از قبیل ثبت‌نام، نحوه ارائه اظهارنامه، پرداخت مالیات، رسیدگی، مطالبه و وصول مالیات، ثبت اعتراضات مودیان، ابلاغ اوراق مالیاتی و تعیین ادارات امور مالیاتی ذی‌صلاح برای انجام موارد فوق را تعیین و اعلام می‌کند. حکم این تبصره شامل مواعد قانونی مقرر در مورد تسلیم اظهارنامه، ثبت اعتراضات، ابلاغ اوراق مالیاتی و پرداخت مالیات نیست.
تبصره ۲- سازمان امور مالیاتی کشور مجاز است به ‌منظور تسهیل در انجام امور مالیاتی مودیان، قسمتی از فعالیت‌های خود به‌استثنای تشخیص و تعیین ماخذ مالیات، دادرسی مالیاتی و عملیات اجرایی وصول مالیات را به بخش غیردولتی واگذار کند. نحوه واگذاری و انجام دادن تکالیف طبق آیین‌نامه اجرایی است که توسط سازمان امور مالیاتی کشور تهیه می‌شود و ظرف مدت شش‌ماه از تاریخ لازم‌الاجراء شدن این قانون (۱/۱/۱۳۹۵) به‌تصویب وزیر امور اقتصادی و دارایی می‌رسد.
تبصره ۳- در تبصره (۹) ماده (۵۳)، ماده (۸۶)، ماده (۸۸)، تبصره (۲) ماده (۱۰۳)، تبصره(۵) ماده (۱۰۹)، ماده(۱۲۶) و تبصره (۲) ماده (۱۴۳) عبارت «تا پایان ماه بعد» حسب مورد جایگزین عبارت‌های «ظرف ده‌روز»، «ظرف سی‌روز» و «منتهی ظرف سی‌روز» می‌شود.