پس از راه‌اندازی سامانه مودیان، همه مشمولان این قانون موظفند به ترتیبی که سازمان مقرر و اعلام می‌کند، در سامانه مزبور ثبت نام نموده و معاملات خود را در آن ثبت نمایند. ثبت معاملات (خرید و فروش) در سامانه مودیان، به منزله ثبت در دفاتر قانونی است. تا آن زمان، ترتیبات ثبت‌نام، نحوه ارائه اظهارنامه‌های مالیاتی و رسیدگی به آنها حسب مقررات قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب ۱۳۸۷/۲/۱۷ و اصلاحات بعدی آن است. در سایر موارد، مفاد این قانون جاری است.